La notte dell'ultimo giorno delle vacanze estive, Naoyuki Asaba entra di nascosto nella piscina della scuola. Lì incontra una misteriosa ragazza, Iriya Kana, che ha due strane sfere di metallo impiantate nei polsi. Il giorno seguente, Iriya si trasferisce nella classe di Naoyuki. Il suo carattere le crea problemi a comunicare con gli altri, ma si dimostra molto aperta nei confronti di Naoyuki, e instaura un ottimo rapporto con lui. Tuttavia, Iriya viene spesso convocata dagli insegnanti, e certe volte si comporta in modo strano. Ogni volta che si trova nei guai, compare un uomo misterioso, chiamato Enomoto, che pare abbia a che fare con un importante compito che Iriya deve portare a termine.
Grazie all'attività del club giornalistico della scuola, alcuni misteri della vicina base militare Sonohara vengono svelati, insieme all'esistenza di un prototipo di aereo da combattimento chiamato Black Manta. Da questo momento, ad Naoyuki e Iriya saranno svelati nuovi misteri, ma si troveranno in situazioni sempre più difficili da affrontare.